Hola Lucía,
planteas una pregunta muy difícil. Realmente, cualquiera de los masters universitarios que hay en España creo que tienen un buen nivel. Y depende a quién le hagas la pregunta, te dirán que su master es el mejor de todos

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Yo te puedo hablar de los masters de ortodoncia de Madrid. Donde yo estudié, la Mississippi, tienen muy buena preparación teórica, y conoces un gran número de técnicas. Como "pero", se echa en falta mayor volúmen de pacientes en la clínica.
El master de la Complutense, tiene una buena preparación de sus alumnos, y la clínica universitaria tiene un gran número de pacientes. Como inconveniente, una formación más "conservadora" y tradicional que en otras universidades, y como bien dices, es fundamental estar recomendado.
En la universidad Alfonso X, no cabe duda que el punto más fuerte es el volumen de pacientes que tiene su clínica universitaria. Algo que a mi me parece genial, pero que debes tener en cuenta, es que el doctorado se hace a la par que el postgrado.
En la Universidad Europea, hay un sistema de módulos, que ocupa menos tiempo al estudiante y le permite trabajar. Creo que el título como tal lo consigues a los 4 años tras completar todos los módulos.
Del resto de masters no puedo opinar, porque no he tenido contacto.
A ver si alguien puede dar más opiniones sobre estos masteres u otros.